Vydūnas neturi vienos visuotinai pripažintos pažodinės reikšmės. Lietuviškuose aiškinimuose jis siejamas su šaknimi vyd-, reiškiančia regėjimą, matymą arba suvokimą. Todėl vardą galima aiškinti kaip „regintį“, „įžvalgų“ arba „gebantį matyti esmę“.
Kitas aiškinimas sieja šį žodį su sanskrito šaknimi vid-, susijusia su žinojimu, pažinimu ir suvokimu. Sanskrito žodis vidyā reiškia „žinojimas“ arba „mokslas“, tačiau tiesioginis ryšys su vardu nėra galutinai įrodytas. Ši versija dažniausiai pateikiama kaip kultūrinė interpretacija.
Pažodinė reikšmė skirtinguose aiškinimuose susijusi su regėjimu arba pažinimu. Simbolinėje plotmėje tai gali reikšti dvasinį budrumą, tiesos ieškojimą ir gebėjimą įžvelgti gilesnius dalykus. Tokios reikšmės būdingos įvairioms filosofinėms tradicijoms, kuriose regėjimas dažnai reiškia vidinį supratimą.
Vydūnas kultūriniame kontekste siejamas su sąmoningumu, dvasiniu augimu ir prasmingu gyvenimu. Šios sąsajos priklauso simboliniam aiškinimui, o ne žodyno apibrėžimui. Skirtingais laikotarpiais vardas galėjo būti suvokiamas kaip kūrybinis, filosofinis ir tautinės savimonės ženklas.
