Nerūnas neturi vienos patikimai patvirtintos pažodinės reikšmės. Lietuviškuose vardų aiškinimuose jis siejamas su šaknimi „Ner-“, tačiau toks aiškinimas nėra visiškai įrodytas.
Viena iš atsargesnių versijų vardą sieja su lietuvišku hidronimu „Neris“. Šio žodžio kilmė ir pirminė reikšmė kalbotyroje aiškinama nevienodai. Todėl vertimas „tekantis vanduo“ dažniau laikomas simboliniu aiškinimu, o ne tikslia žodyno reikšme.
Vandens simbolika įvairiose kultūrose siejama su gyvybe, kaita, atsinaujinimu ir tęstinumu. Lietuvių tradicijoje upė dažnai suvokiama kaip gamtos, kelio ir laiko tėkmės ženklas. Šios sąsajos gali suteikti vardui judėjimo bei gyvybingumo atspalvį, tačiau jos nėra tiesioginis kalbinis vertimas.
Kitas aiškinimas Nerūną laiko savarankišku lietuvišku asmenvardžiu, sukurtu pagal lietuvių vardų darybos modelius. Tokiu atveju konkreti leksinė reikšmė nėra nustatyta. Skirtingais laikotarpiais neaiškios kilmės vardai kartais įgaudavo simbolines interpretacijas, paremtas skambesiu arba panašiomis šaknimis.
Todėl tiksliausia reikšmę apibūdinti kaip neaiškios kilmės lietuvišką asmenvardį. Simboliškai jis gali būti siejamas su vandens tėkme, gamtos kaita ir nenutrūkstamu judėjimu. Nerūnas neturi patvirtinto tiesioginio vertimo iš konkretaus bendrinės kalbos žodžio.
