Apolonijus reiškia „skirtas Apolonui“ arba „priklausantis Apolonui“. Šis aiškinimas siejamas su graikų kalbos būdvardžiu Apollōnios. Lietuviškai jis nurodo ryšį su dievybe Apolonu.
Senovės graikų tradicijoje Apolonas buvo meno, muzikos, poezijos, pranašystės ir gydymo dievas. Todėl vardo reikšmė kultūriškai gali priminti kūrybą, darną, šviesą ir žinojimą. Tokios sąsajos yra simbolinės, o ne tiesioginiai vardo vertimai.
Kai kuriuose šaltiniuose Apolonijaus reikšmė aiškinama kaip „Apolono žmogus“ arba „Apolonui pašvęstas“. Šie variantai remiasi ta pačia senovės graikų kalbos forma. Jie nereiškia atskiros savybės ar konkretaus pašaukimo.
Romėnų kultūroje Apolonas buvo perimtas iš graikų religinės tradicijos. Vėlesnėje Europos kultūroje jo vardas dažnai siejosi su menais ir klasikiniu grožio idealu. Apolonijus išlaiko šį kultūrinį atspalvį, tačiau vardų reikšmės suvokimas skirtingais laikotarpiais kito.
