Agatonas pažodžiui siejamas su senovės graikų žodžiu „agathos“, reiškiančiu „geras“, „kilnus“ arba „doras“. Ši reikšmė nusako teigiamą moralinę savybę, o ne išorinį statusą ar socialinę padėtį. Graikų kalboje žodis „agathos“ galėjo apibūdinti žmogų, veiksmą, sprendimą arba daiktą, laikomą geru ir tinkamu.
Vardo reikšmė skirtingose tradicijose dažniausiai siejama su gerumu, dorove ir kilnia laikysena. Krikščioniškame kontekste šios sąvokos gali būti susijusios su dorybe, gailestingumu ir sąžiningumu. Tai kultūrinė bei simbolinė interpretacija, o ne įrodytas asmens apibūdinimas. Senovės graikų mąstyme gerumas dažnai apėmė ne vien moralę, bet ir tinkamumą, vertę bei darną.
Agatonas gali būti aiškinamas ir kaip „gerasis“ arba „kilnusis“. Šie variantai kyla iš to paties reikšminio pagrindo, tačiau nėra skirtingi savarankiški vertimai. Vėlesnėse Europos tradicijose vardas įgijo religinį atspalvį dėl krikščioniškų šventųjų ir dvasininkų vardo vartosenos. Simboliškai jis reiškia gėrio siekį, nors tokia interpretacija nepateikia informacijos apie konkretaus žmogaus elgesį.
